Ferdinando được sinh ra ở Palermo, bố là Vua Francis I của Hai Sicilia và mẹ là María Isabella của Tây Ban Nha.

Ông bà nội của ông là Vua Ferdinando I của Hai Sicilia và Hoàng hậu Maria Karolina của Áo. Ông bà ngoại của ông là Carlos IV của Tây Ban Nha và Maria Luisa của Parma. Ferdinando I và Carlos IV là anh em, cả hai đều là con trai của vua Carlos III của Tây Ban Nha và Maria Amalia của Sachsen. Trong số các chị em của ông có Teresa Cristina, Hoàng hậu Brazil, là vợ của Pedro II, vị Hoàng đế cuối cùng của Đế chế Brazil.